تضمن مشروع قانون جامعة كيان بالقوات المسلحة للعلوم التطبيقية، ضوابط تعيين نواب رئيس الجامعة، حيث تنص المادة 17 على: يكون لرئيس الجامعة نائب أو أكثر يعاونونه في إدارة شئونها العلمية والإدارية والمالية، ويقوم أقدمهم مقامه عند غيابه.
قرار تعيين نواب رئيس جامعة كيان من وزير الدفاع
ويصدر بتعيين نواب رئيس الجامعة قرار من وزير الدفاع يحدد فيه مدة تعيينهم.
كما حدد مشروع قانون إنشاء جامعة كيان بالقوات المسلحة للعلوم التطبيقية، اختصاصات رئيس الجامعة، والذي يتم تعيينه بقرار يصدر من وزير الدفاع.
اختصاصات رئيس جامعة كيان
تنص المادة 16 من مشروع قانون جامعة كيان بالقوات المسلحة على أن يتولى رئيس الجامعة إدارة شئونها العلمية والإدارية والمالية وتصريف شئونها، ويمثلها في صلاتها مع الغير وأمام القضاء. كما يتحمل مسئولية تنفيذ السياسة العامة الموضوعة لتحقيق أغراض الجامعة ومتابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن المجلس الأعلى للجامعة ومجلس الجامعة.
تعيين رئيس جامعة كيان بقرار من وزير الدفاع
وتنص المادة 15 من قانون جامعة كيان، والذي وافق عليه مجلس النواب برئاسة المستشار هشام بدوي، على أن يعين رئيس الجامعة بقرار من وزير الدفاع ويحدد القرار مدته. ويكون رئيس الجامعة عضوًا بالمجلس الأعلى للجامعات المصرية المنشأ بقانون تنظيم الجامعات الصادر بالقانون رقم 49 لسنة 1972.
شروط تعيين رئيس جامعة كيان
يشترط في رئيس الجامعة أن يكون حاصلًا على درجة الدكتوراه، ومشهودًا له بالكفاءة العلمية والإدارية. كما يُطلب منه تقديم تقرير إلى المجلس الأعلى للجامعة في نهاية كل عام بعد العرض على مجلس الجامعة عن متابعة شئون الدراسة والبحث العلمي وسائر نواحي الأنشطة الأخرى بالجامعة وتقييمها واقتراحات النهوض بها.
إنشاء جامعة كيان وتبعيتها للقوات المسلحة
تنص المادة 1 من مشروع قانون إنشاء جامعة كيان بالقوات المسلحة للعلوم التطبيقية على: تنشأ هيئة عامة تسمى (جامعة كيان للعلوم التطبيقية) تتمتع بالشخصية الاعتبارية، تتبع وزير الدفاع، ويكون مقرها الرئيسي مدينة القاهرة. ويجوز إنشاء فروع لها بقرار من رئيس الجمهورية بناءً على عرض وزير الدفاع واقتراح المجلس الأعلى للجامعة. ويشار إليها في هذا القانون بالجامعة، ويكون وزير الدفاع هو الوزير المختص في تطبيق أحكام هذا القانون.

